गगन थापाको जन्म काठमाडौंमा भएको थियो। उनले सिद्धार्थ वनस्थली स्कुलबाट स्नातक गरे। उनले त्रिचन्द्र कलेजबाट रसायनशास्त्रमा विज्ञान स्नातक पूरा गरे। त्यसपछि उनले त्रिभुवन विश्वविद्यालयबाट समाजशास्त्रमा एम.ए. हासिल गरे।
उनले त्रिचन्द्र कलेजको स्वतन्त्र विद्यार्थी युनियनको अध्यक्षको रूपमा काम गरे। उनले नेपाल विद्यार्थी संघको महासचिवको रूपमा पनि सेवा गरे।
उनले पहिलो संविधान सभा र दोस्रो संविधान सभाको सदस्यको रूपमा काठमाडौं-४ को प्रतिनिधित्व गरे। उनले स्वास्थ्य मन्त्रीको रूपमा सेवा गरे, जस क्रममा उनले स्वास्थ्य बीमाको सुरुवात गरे। उनी नेपाली कांग्रेसको महामन्त्रीको रूपमा पनि रहे।
